Jesienią 1943 r. Stalin wyciągnął z łagrów i więzień tych hierarchów, którzy przeżyli terror i prześladowania, i zgodził się na reaktywację Patriarchatu Moskiewskiego. Najważniejszą osobą w tym gronie był metropolita leningradzki Aleksy (Simanskij), późniejszy patriarcha Aleksy I. Postać tragiczna, jakich jest wiele w dziejach rosyjskiego prawosławia. Zdolny i dobrze wykształcony, pochodził z arystokratycznej rodziny. W latach 20. władza sowiecka zesłała go do Kazachstanu. Zaufanie Stalina zaskarbił sobie mężną postawą podczas blokady Leningradu. W 1945 r. został wybrany na patriarchę i pełnił ten urząd 25 lat, najdłużej w historii rosyjskiego prawosławia. Nigdy nie miał wątpliwości w kwestii udziału prawosławnych przy likwidacji Kościoła greckokatolickiego. Być może postrzegał w tym historyczną szansę przekreślenia dziedzictwa unii brzeskiej i ugruntowania wpływów rosyjskiego prawosławia na zachodniej Ukrainie.


Operacja „chodzący”


Szczegóły techniczne operacji likwidacji Kościoła unickiego, którą prowadzono pod kryptonimem „Chodzący”, przygotował płk Siergiej Karin Daniłenko. Rozpracowaniem ukraińskiej „kontrrewolucyjnej emigracji” zajmował się już w latach 30. w Pradze. Nawiązał wówczas kontakt z wieloma działaczami organizacji nacjonalistycznych, m.in. z OUN, co pozwoliło mu także zaznajomić się z grupą duchownych greckokatolickich. Za te sukcesy nieomal zapłacił życiem. W czasie stalinowskich czystek został oskarżony o współpracę z ukraińskimi nacjonalistami. Aresztowany w 1937 r., przeszedł niezwykle brutalne śledztwo, ale po dwóch latach odzyskał wolność. W 1944 r. został szefem specjalnej grupy NKWD zajmującej się zwalczaniem ukraińskiego podziemia na zachodniej Ukrainie. Częścią tej akcji była likwidacja Kościoła greckokatolickiego, nazywanego w dokumentach czekistów „rezydenturą Watykanu”. Plan Daniłenki zakładał stworzenie wśród unickiego duchowieństwa grupy, która miała wystąpić w imieniu wspólnoty greckokatolickiej do Patriarchatu Moskiewskiego o przyjęcie na łono prawosławia. Aby mógł zostać zrealizowany, należało przede wszystkim pozbyć się hierarchów oraz duchownych wiernych Stolicy Apostolskiej, których nie dało się nakłonić do przejścia na prawosławie. 
6 kwietnia 1945 r. aresztowano metropolitę Josyfa Slipyja oraz pięciu biskupów greckokatolickich. Następnie do więzień i łagrów trafiło kilkuset unickich duchownych. W międzyczasie ujawniła się grupa duchownych, którzy oświadczyli, że w sytuacji chaosu przejmują bieżące zarządzanie Kościołem. Władza przyznała im prawo do wypowiadania się w jego imieniu. Na czele tzw. Grupy Inicjatywnej stanął ks. dr Hawryło Kostelnyk, kapłan szeroko znany w środowisku greckokatolickim, wykładowca seminarium we Lwowie, autor wielu rozpraw teologicznych. Od 1940 r. był w sieci NKWD. Kontakt nawiązał, interweniując w sprawie syna, aresztowanego za powiązania z banderowcami. Kostelnyk miał przygotować uzasadnienie specjalnej operacji NKWD. Argumentami teologicznymi oraz historycznymi uzasadniał konieczność zerwania z papiestwem i połączenia z Patriarchatem Moskiewskim. Historycy spierają się, na ile jego działalność była wynikiem agenturalnego uwikłania, a na ile była autentyczna i wynikała z antyrzymskich resentymentów Kostelnyka, demonstrowanych już w okresie międzywojennym. Ważną rolę w Grupie Inicjatywnej odegrali księża Mychajło Melnyk i Anton Pelwećkyj. Obaj współpracowali z NKWD, później zostali prawosławnymi biskupami. W apelu do wiernych Grupa Inicjatywna wezwała do odrzucenia dziedzictwa unii brzeskiej i zjednoczenia się z Patriarchatem Moskiewskim. Podobny apel wystosował patriarcha moskiewski Aleksy I. Do ostatecznego rozwiązania kwestii katolików obrządku wschodniego miał doprowadzić tzw. synod. Zwołany z pogwałceniem wszystkich przepisów kościelnych, bez udziału biskupów oraz znacznej części duchowieństwa, odbył się w katedrze św. Jura w dniach od 8 do 10 marca 1946. Podjął uchwały o likwidacji Kościoła greckokatolickiego na zachodniej Ukrainie oraz o zjednoczeniu z Patriarchatem Moskiewskim. 
Abp Slipyj przechodził już wtedy łagrową kalwarię. Został skazany na 8 lat obozu pracy za „zdradę Związku Radzieckiego”, choć nigdy nie był obywatelem sowieckim. Osadzono go w łagrach o szczególnym rygorze, położonych w surowym, często polarnym klimacie. Przez łagry przeszli także pozostali z aresztowanych wiosną 1945 r. hierarchów. Abp Slipyj w 1963 r. został uwolniony dzięki interwencji Jana XXIII. Księdza Kostelnyka zastrzelono na ulicy we Lwowie w 1948 roku. Oficjalna wersja głosiła, że zabójcę wysłała UPA. Być może jednak został zabity przez NKWD, jako niewygodny świadek. Kościół greckokatolicki przetrwał w podziemiu do 1990 r., kiedy odzyskał wolność m.in. dzięki zabiegom Jana Pawła II, który kilkakrotnie odrzucił możliwość porozumienia się z władzami sowieckimi i Patriarchatem Moskiewskim ponad głowami grekokatolików.