Jacek Woźniakowski urodził się w 1920 roku w Biórkowie (Miechowskie). Maturę zdał w 1938 roku w Rabce. Po podchorążówce w Grudziądzu odbył kampanię wrześniową w 8. pułku ułanów; został wówczas ciężko ranny. W czasie okupacji pracował w przemyśle rolnym w różnych częściach Polski. Był żołnierzem Armii Krajowej. Po wojnie zamieszkał w Krakowie. Od roku 1945 studiował w Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie w roku 1950 uzyskał magisterium z filologii polskiej.

Od najwcześniejszych powojennych lat był związany ze środowiskiem „Tygodnika Powszechnego" i miesięcznika „Znak"; w latach 1948-53 był sekretarzem redakcji pierwszego z tych pism, a w latach 1947-59 redaktorem naczelnym drugiego. Od roku 1959 przez wiele dekad pełnił funkcję dyrektora wydawnictwa „Znak".

W roku 1952 rozpoczął w KUL-u wykłady z historii sztuki nowoczesnej i z historii estetyki. Tutaj też przeszedł kolejne szczeble kariery naukowej. Już na samym początku dał się poznać jako pedagog niekonwencjonalny, przede wszystkim otwarty i życzliwy studentom, stymulujący ich samoedukację i rozwój.

Jego wiedza i przychylność dla studenckich inicjatyw decydująco wpłynęły na zawiązanie się i ukształtowanie profilu powstałej w końcu lat 50. w gronie studentów historii sztuki KUL Grupy Zamek, która odegrała znaczącą rolę w ogólnopolskim życiu artystycznym okresu „odwilży".

Odbył wiele podróży zagranicznych - m.in. jako korespondent mediów katolickich (w tym na trzecią sesję Soboru Watykańskiego II). W latach (1999-2000) był wykładowcą Katedry Historii i Kultury Polskiej na Uniwersytecie Hebrajskim w Jerozolimie.

Tłumaczył literaturę angielską i francuską (w tym „Sedno sprawy” i „Spokojnego Amerykanina” Grahama Greena oraz „Opowieść o dwóch siostrach” Arnolda Bennetta).

Prof. Jacek Woźniakowski był autorem kilku książek i licznych artykułów dotyczących problematyki szeroko pojętej kultury, w tym sztuk wizualnych i myśli o sztuce. Spośród publikacji książkowych sztuki dotyczą przede wszystkim takie pozycje, jak „Co się dzieje ze sztuką?” i „Góry niewzruszone” (wyd. polskie i niemieckie). Obok nich należy wymienić refleksje dotyczące kultury katolickiej („Czy kultura jest do zbawienia koniecznie potrzebna?”) i relacje podróżnicze („Zapiski kanadyjskie”, „Laik w Rzymie i Bombaju”). Współpracował także z „Zeszytami Literackimi", gdzie publikował krótkie eseje.

Był członkiem Założycielem Klubów Inteligencji Katolickiej w Krakowie i Warszawie, członkiem Związku Literatów Polskich (1956-1983, w tym członkiem Zarządu Głównego 1978-1983 oraz Prezydium Zarządu Głównego 1980-1983). Członkiem Polskiego PEN -Clubu, AICA (od 1960), Towarzystwa Kursów Naukowych (od 1978), uczestnikiem obrad Okrągłego Stołu po stronie opozycji.

Był także członkiem Papieskiej Rady Kultury, Polskiej Akademii Umiejętności PAU (od 2000); prezesem Fundacji Kościelskich (od 1994 r.); Fundatorem, członkiem Rady "Fundacji Edukacja dla Demokracji", zasiadał też w Radzie Fundatorów Fundacji Rozwoju Demokracji Lokalnej.

Był wiceprzewodniczącym Polskiego Komitetu UNESCO. Przewodniczącym Rady Fundatorów Międzynarodowego Centrum Kultury w Krakowie (od 1991). Członkiem Akademii Europejskiej w Krakowie i współzałożycielem Fundacji Judaica.

Otrzymał Nagrodę Polskiego PEN – Clubu im. Mieczysława B. Lepeckiego (1974) za Zapiski kanadyjskie, Nagrodę Polskiego PEN – Clubu im. Mieczysława Pruszyńskiego, Złoty Krzyż Zasługi (1974), Nagrodę Fundacji Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku (1976), Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (1990), Krzyż Komandorski Legii Honorowej (1995).

5 października 2005, został uhonorowany przez ministra kultury Złotym Medalem Zasłużony Kulturze Gloria Artis. Doktor honoris causa „Katholieke Universiteit „ w Leuven (Belgia). Za książkę „Ze wspomnień szczęściarza „otrzymał w grudniu 2008 r. Nagrodę Krakowska Książka Miesiąca.
Postanowieniem z 24 października 2006 r. został przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego „za wybitne zasługi dla rozwoju polskiej demokracji, za działalność na rzecz dialogu i dobra wspólnego” odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.

Jacek Woźniakowski był prawnukiem Henryka Rodakowskiego, wnukiem Jana Gwalberta Pawlikowskiego, przyrodnim bratem prof. filozofii Karola Tarnowskiego, ojcem m.in. Henryka Woźniakowskiego prezesa wydawnictwa "Znak" w Krakowie, oraz Róży Thun, posłanki do Parlamentu Europejskiego.

Uroczystości pogrzebowe prof. Jacka Woźniakowskiego rozpoczną się 8 grudnia o godz. 13 w kościele Sióstr Wizytek przy Krakowskim Przedmieściu w Warszawie. Po Mszy św. urna z prochami zmarłego zostanie przewieziona do kaplicy Zakładu dla Niewidomych w Laskach, a następnie pochowana na miejscowym cmentarzu.

Zamiast kwiatów rodzina prosi o datki na niewidome dzieci z Lasek i na rehabilitację Iwa Woźniakowskiego.